AromaticConv
AromaticConvは、SDFファイル内の単結合'1'、二重結合'2'として記録されている芳香族結合を芳香族結合を表す'4'に書き換え、
大文字で記録されている芳香族原子を小文字に書き換える処理を行うソフトウェアです。
RegExSMILESの検索では、SDF中の小文字を芳香族原子、結合'4'を芳香族結合として検索を行っています。
そのため、芳香族を含んだ検索を行う場合、検索前にのAromaticConvで芳香族の変換を行い、変換後のSDFファイルによって検索する必要があります。
1.動作環境
実行にはRDKitのインストールが必要です。
2.ソースコード
3.使い方
SDFファイルの前処理を行う
$ python AromaticConv.py sample_before.sdf sample_after.sdf
SDFファイル表示用推薦ソフト：MarvinView(ChemAxon)